Сотрудниками Почвенного института им. В.В. Докучаева совместно с Институтом проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова проведено исследование изменений, происходящих с полиэтиленовыми плёнками при попадании в почву. С помощью выделения ДНК, секвенирования библиотек гена 16S и биоинформатического анализа были получены сведения о формировании прокариотного сообщества на инкубированных плёнках. Сообщества, сформированные на плёнках, несколько отличались от почвенных, однако влияния фауны замечено не было. Выявлено, что полиэтиленовые пленки, как инертная поверхность, оказались заселены различными консорциумами прокариот.
Для оценки общей экологической ситуации в мегаполисе сотрудниками Института создана карта современного почвенного покрова Санкт-Петербурга (масштаб 1:50 000). Основные почвы центра города — это почвы, сконструированные человеком. Они кардинально отличаются от естественных строением, свойствами и экологическими функциями. На основе почвенной карты и оценки экологических функций почв города предложен метод расчета интегральной экологической составляющей качества жизни населения.
На территории Санкт-Петербурга проведены исследования макропедофауны. В роли биоиндикаторов неблагоприятных условий обитания выступают дождевые черви, губоногие и двупарноногие многоножки. В отличие от естественных биоценозов, основная масса геобионтов города сосредоточена в верхнем 10-ти сантиметровом слое почвы. Это связано с регулярной уборкой листвы осенью.